Das ökumenische Gemeindezentrum Versöhnungskirche gehört zu den jüngsten Kirchengebäuden der Stadt Potsdam. Es verdankt sich - wie der Stadtteil »Kirchsteigfeld« insgesamt - dem historischen Umbruch des Jahres 1989. Das Kirchsteigfeld liegt im Südosten Potsdams zwischen dem Neubaugebiet Drewitz, das in der Zeit der DDR errichtet wurde, und dem dörflich geprägten Alt-Drewitz. Schon vor der politischen Wende war für die Fläche des Kirchsteigfeldes der Neubau eines Wohngebietes vorgesehen. Nach der Wende wurde der Stadtteil noch einmal ganz neu und als ein Quartier geplant, das für die Lebensqualität seiner Bewohner Maßstäbe setzt. Was wenige Jahre zuvor noch undenkbar war: Das städtebauliche Konzept sah in der Ortsmitte ein Kirchengebäude vor.

Die Evangelisch-methodistische Kirche und die Evangelische Kirche Berlin-Brandenburg, zwischen denen volle Kirchengemeinschaft besteht, nahmen sich gemeinsam mit ihren Gemeinden vor Ort in Potsdam-Drewitz dieser Herausforderung an.

Der Bau des ökumenischen Gemeindezentrums Versöhnungskirche wurde durch die beiden Kirchen unterstützt, durch Spenden aus anderen Kirchengemeinden und Kirchenkreisen und durch die im Kirchsteigfeld engagierte Firma »Groth und Graalfs«, heute die Groth-Gruppe.

Nach intensiver Planung wurde am 1. Advent 1996 der Grundstein gelegt. Ein Jahr später, am 1. Advent 1997, wurde das Gebäude eingeweiht. Mit dabei waren unter anderen Bischof Prof. Dr. Wolfgang Huber, Bischof Dr. Walter Klaiber und Bundesbauminister Prof. Klaus Töpfer.